1697年（藏历第十二绕迥火牛年）被藏王第司·桑杰嘉措认定为五世的灵童。同年年燃灯节之际，第六世仓央嘉措在布达拉宫的司喜平措大殿，在丹增汗和第悉·桑结嘉措等藏蒙僧俗官员的参加下，举行了坐床典礼。清朝康熙从大局考虑，派出章嘉呼图克图等参加了典礼，并赏赐了无数珍宝。
传说一，仓央嘉措解进京途中，病逝于青海湖；
1698年（藏历土虎年），仓央嘉措至哲蚌寺，建立最初的法缘，从《道次第广论》的开首处，进行了传承，开始听取法相经典。第悉教授其梵文声韵知识。另外，还从大师及甘丹寺主持、萨迦、格鲁、宁玛等派有习大量显密经典。第悉对于仓央嘉措的学习，管理得非常严格。
各种矛盾错综复杂，仓央嘉措感到“失望，学习也无益处”，遂变得懒散起来，且喜好游乐，放荡不羁。
(小松鼠)·2016-07-2101:44
拉藏汗掌握以后，对第六世多方。还特派人员赴京师，谗言桑结嘉措准噶尔人，准备反叛朝廷。还说，第悉·桑结嘉措在布达拉宫立的仓央嘉措不是第五世真正的灵童，他终日沉湎于，不守清规，请予废立。康熙帝即派侍郎赫寿等人赴藏，敕封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，赐金印一颗。命将仓央嘉措从布达拉宫的职位上废除，“执献京师”。
拉藏汗从拉萨出发以后，在羊八井、当雄等地驻留多日，缓缓抵达那曲。在那曲集结了藏北各地的蒙古军队，准备打仗。他借口第悉未遵守决议，仍然呆在布达拉宫内干预的一切事务，从那里折返拉萨。当年5月，拉藏汗在当雄将蒙古军队分为两，一由他亲自率领，从澎波而来；另一由其妻次仁扎西及部分军官率领，从堆龙德庆而来。当时，色拉、哲蚌二寺的、密院的轨范师以及大师的代表等人闻讯后，急忙先后赶去劝阻。请求汗王罢兵。但是，遭到。公元1705年（藏历第十二绕迥木鸡年）七月第悉·桑结嘉措被抓获，押至堆龙德庆的朗孜村立刻斩首。从此以后，蒙古人拉藏汗前后长达12年。
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传说四，好心的解差将仓央嘉措私自，他最后成为青海湖边的一个普通牧人，诗酒风流过完余生。
传说二，仓央嘉措在上被拉藏汗秘密；
遵照谕旨，废掉仓央嘉措以后，不久即“解送”。在哲蚌寺前的参尼林卡为其送行时，哲蚌寺僧人将其抢至该寺的甘丹颇章宫中。拉藏汗闻报后，立即派兵包围了哲蚌寺，寺僧们亦准备武力抵抗，双方即将发生流血冲突。仓央嘉措见此情形于心不忍，便自动走到蒙古军中，立地平息了这场一触即发的战斗。然后，从北进京，抵达青海的贡噶诺尔时圆寂，时年25岁。这是传记中的普遍说法。所以，布宫里唯独没有六世的灵塔。
仓央嘉措成长的时代，恰值动荡，内外各种矛盾接连不断地开始出现之际。1700年（藏历铁龙年），丹增汗在去世。其次子拉藏鲁白遂来至前藏，承袭了乃父职位。蒙古施主当中对此也产生了赞同与反对的两种意见。另外，第悉对第五世的圆寂进行了长期保密，这引起了清朝康熙帝的不满。在内部，由于第悉独断专行，长期“匿丧”，身穿袈裟而又公开蓄养“主母”等行为，招致哲蚌寺、色拉寺部分首脑表现出不满情绪，等等。
当时，在地方的框架中，噶厦和孜康属于重要的机构。孜康机构既检查稽核收支，又主持培养官员的学校。不久，第悉·桑结嘉措的王妃次仁扎西也死去了。
其后，拉藏汗将生于公元1686年（藏历火虎年）的阿旺益西嘉措认定为第六世，将其迎至布达拉宫坐床，他在位11年。但是，僧俗群众皆不承认他是的灵童。白噶尔增巴·益西嘉措坐床以后，拉藏汗便上奏康熙，请求承认他是，并赐金印。依奏，赐金印一颗，印文为：“敕封第六世之印”，被修改为“敕赐第六世之印。”（《印鉴清册》11页）
拉藏汗利用第六世仓央嘉措与第悉·桑结嘉措之间的矛盾，制造越来越多的麻烦。第悉投毒拉藏汗的说法传开以后，藏蒙福田、施主之间的矛盾更加尖锐。公元1705年（藏历木鸡年）一月，第六世、吉雪第巴、拉木降、色拉、哲蚌二寺堪布、各、大师的代表、蒙古诸施主等，集议如何解决矛盾。最后议决，第悉·桑结嘉措辞去地方的职务，将贡嘎拨给他作为食邑；拉藏汗保留“地方蒙古王”的称号，返回青海驻牧。但是，实际上双方都没有打算执行决议。
流传最广的一种说法，也就是“密传”《琵琶音》的说法。“于火猪年当（即仓央嘉措）25岁时，被请往内地。”“次第行至东如措纳时，诏谕严厉，众人闻旨，已极。担命难保，无有良策以对。于是异口同声对我（仓央嘉措）恳求道：‘您已获自主，能现仙逝状或将形体隐去。若不如此，则我等势必被斩首。’求告再三。仓央嘉措无限悲伤，话别之后，遽然上，朝东南方向而去……此后，他经打箭炉至内地的峨眉山等地去朝山。然后，又到前后藏、印度、尼泊尔、甘肃、五台山、青海、蒙古等地，讲经说法，广结，创下无穷精妙业绩。
为了稳定当时的混乱局面，康熙帝于公元1713年（藏历第十二绕迥水蛇年）册封第五世洛桑益西为“额尔德尼”，赐金册、金印。命他协助拉藏汗管理好地方事务。从此，历代的“额尔德尼”名号便确定下来。
传说三，仓央嘉措被清帝于五台山，抑郁而终；
六世（Tshangs-dbyangs-rgya-mtsho）仓央嘉措是历史上颇有争议的著名人物。仓央嘉措原名洛桑仁钦仓央嘉措。其之父扎西丹增，原居错那。其母为赞普，名叫次旺拉姆。仓央嘉措诞生于1683年(藏历第十一绕迥水猪年）。
六世的死因，成了一个永远的迷。
1702年（藏历水马年六月），仓央嘉措20岁时，第悉劝其受比丘戒。他劝告。前往扎什伦布寺与大师洛桑益西相见。第五世的传记里说，“休说他受比丘戒，就连原先受的出家戒也无法地抛弃了。最后，以我为首的众人皆请求其不要换穿俗人服装，以近事男戒而受比丘戒，在转。但是，终无效应，只得将经过情形详细呈报第悉。仓央嘉措在扎什伦布寺居17日后返回拉萨。”（《五世洛桑益西自传·明晰品行月亮》209页）自那以后，仓央嘉措便穿起俗人衣服，任意而为。白天在龙王潭箭、饮酒、唱歌，嬉戏。还到拉萨近郊去游玩，与年轻女子寻欢作乐，放弃了戒行。
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